Er is een aparte module in het e-MJV voor de olie- en gaswinningsindustrie. Deze bedrijfstak hoeft niet te rapporteren op grond van de EG-verordening PRTR, maar levert in het kader van de Wm-vergunning en de Mijnbouwregeling diverse soorten informatie aan het bevoegd gezag, te weten het Ministerie van Economische Zaken en Klimaat ten behoeve van de toezichthouder (Staatstoezicht op de Mijnen).

Daarnaast geldt de internationale rapportageverplichting in het kader van het OSPAR-verdrag voor wat de inrichtingen die in het Nederlandse gedeelte van de Noordzee zijn opgericht betreft.

Met de olie- en gaswinningsindustrie heeft de overheid aparte afspraken gemaakt over indiening en beoordeling via het e-MJV. Deze afspraken zijn terug te vinden in de Leidraad Milieujaarrapportages.